Catan Junior transcurre en un anillo de seis islas en la que los jugadores construyen escondrijos y encuentran la misteriosa isla encantada, en la que vive el Capitán Fantasma. Cada isla genera un recurso específico: madera, cabras, melaza, o espadas.

Los jugadores deben usar estos recursos para construir barcos, extender sus dominios y construir nuevos escondrijos desde los que dominar el tablero.