Carcassonne Mares del Sur mantiene el sistema de juego básico del clásico Carcassonne, pero en lugar de granjas, monasterios o ciudades, en esta nueva versión los jugadores usan sus seguidores para recolectar plátanos, conchas y pescados, para luego embarcar estos productos para venderlos y conseguir puntos de victoria con ello.

Unas aguas cristalinas bañan las numerosas islas, conectadas por una red de pasarelas, mientras los isleños se afanan por recoger el regalo que la naturaleza les ha dado. En el mar pescan los peces, en las islas recogen los plátanos y en las pasarelas depositan las conchas recolectadas. De vez en cuando algún barco mercante llega a la isla en busca de distintas mercancías por las que están dispuestos a recompensar generosamente a los isleños.